Greenpeace, en colaboración con otras organizaciones, denunció que el Tren Maya pasará por zonas donde hay 170 especies de fauna en riesgo: 91 especies sujetas a protección especial, 59 amenazadas y 20 en peligro de extinción, de acuerdo con Animal Político.

Las aves son el grupo con más ejemplares en riesgo, sobre todo en los tramos 6 y 7 del Tren Maya (que corren de Tulum a Chetumal y de Chetumal a Escárcega, respectivamente). Tan solo en ese territorio, hay hasta 103 especies con algún grado de conservación. Pero eso no es todo. Hay otros animales que podrían verse afectados por los recorridos como el jaguar, el mono aullador y el oso hormiguero.

Con el objetivo de mitigar las afectaciones en los hábitats de las especies, las autoridades mexicanas construyeron pasos de fauna. Sin embargo, ha habido inconsistencias en su construcción. Por un lado, la Secretaría de Medio Ambiente y Recursos Naturales informó que ya se crearon 571 puentes, mientras que el presidente Andrés Manuel López Obrador aseguró que había sólo 500 hasta el 13 de julio.

Las discrepancias sobre el número de puentes verdes han preocupado a varias organizaciones ambientales, ya que consideran que reflejan la falta de planeación y los impactos del Tren Maya. Además, el especialista Hipólito Mendoza dijo a Animal Político que la falta de pasos de fauna podría debilitar la reproducción de las especies.